Die Filzmooser Pfarrkirche besitzt eine für den alpenländischen Dorfkirchenbau der Spätgotik typische Baugestalt: ein schlichter, geradliniger Außenbau, mit Strebepfeilern an den Ecken und einem massigen Turm im Westen, den ein (früher schindelgedeckter) Spitzhelm abschließt. Bei der jüngsten Außenrenovierung wurde u. a. die aus barocker Zeit stammende Färbelung des Turmes, bei der sich die Faschen am Torbogen und den Fenstern sowie die Quadermuster der Ecken farblich absetzten, freigelegt und wiederhergestellt. An der Südmauer kam eine gemalte Sonnenuhr zum Vorschein, außerdem wurde ein neues Turmkreuz aufgesetzt.
Man betritt die Kirche von Westen her durch das Hauptportal, wobei man zunächst das Turmuntergeschoß mit der 1953 angebauten Kriegergedächtniskapelle durchschreitet. Das ausdrucksstarke Kruzifix schuf im gleichen Jahr der bedeutende Halleiner Bildhauer Jakob Adlhart. In der Gestaltung des gekrümmt hängenden Christus griff er auf sein berühmtes expressionistisches Frühwerk aus dem Jahr 1925, das monumentale Kruzifix im Foyer des Salzburger Kollegs St. Benedikt, zurück. Von Adlhart stammen auch die Reliefschnitzereien von den klugen und törichten Jungfrauen an der Kirchentür (1966).  
  Man steht zunächst in der Pfeilerhalle unter der zweigeschossigen Orgelempore, die sich in drei Rundbogenarkaden ins Kirchenschiff öffnet (obere Empore 1888). Das Kircheninnere zeigt eine bei kleineren spätgotischen Landkirchen geläufige Raumanlage: dem einschiffigen Langhaus folgt der durch einen kräftigen Triumphbogen abgetrennte, deutlich schmälere Chorraum. Architektonisch bemerkenswert sind hier die kräftigen Wandpfeiler mit vorgelegten Runddiensten und Kapitellen, auf denen die Rippen des Rautensterngewölbes aufsitzen.
Abgesehen von den Änderungen im Zuge der Neugestaltung um 1960 (Glasfenster und Wandsgraffiti) besitzt der Chorraum noch die ursprüngliche Baugestalt, wie sie spätestens 1474, dem Jahr der Altarweihe durch den Chiemseer Bischof Bernhard von Krayburg, vollendet war. Daß die jetzige Holzbalkendecke im Langhaus nicht der damaligen Bauabsicht entsprach, beweisen heute noch die Pfeilerstümpfe in den Ecken der Emporenaufgänge, die ebenso wie die äußeren Strebepfeiler auf eine ursprünglich geplante Einwölbung auch des Langhauses hindeuten. Das unterhalb der Balkendecke umlaufende, gemalte Ornamentband entstand dann im späten 16. Jahrhundert, als das Provisorium der Flachdecke zum Dauerzustand geworden war.  
  1994 wurde der Vorraum des Seiteneinganges an der Südwand als Taufkapelle eingerichtet. Der Taufstein, früher in einer Ecke des Chorraumes untergebracht, kann nun frei umschritten werden, eine vorher gleichfalls in der Kirche stehende Figur des hl. Johannes des Täufers wurde renoviert und an der Wand angebracht. Hinzu kamen eine neue Steinbank und ein Bronzehalter für die Osterkerze.
Im Zuge der Umgestaltung des Altarraumes um 1959/60 durch Prof. Jakob Adlhart wurde der neugotische Hochaltar beseitigt und statt dessen ein neuer, auf Mensa und Tabernakel reduzierter Hauptaltar aufgestellt.
Darüber schwebt nun, als augenfälliges Zentrum der Wallfahrtskirche, das Filzmooser Kindl in einem schlichten, frei aufgehängten Glasschrein, den ein geschnitzter und vergoldeter Strahlenkranz umgibt. Die ganze Szene hinterfangen die wiederum von Prof. Adlhart teppichartig an den Rückwänden angeordneten Sgraffiti-Darstellungen, die Hl. Drei Könige und die Hirten der Weihnacht, und im Mittelfeld die biblische Kernbotschaft: Und das Wort ist Fleisch geworden.
 
  
  Noch vom ehemaligen barocken Hoch- und Gnadenaltar von 1703 stammen die beiden jetzt als Konsolfiguren an den Seitenwänden des Presbyteriums aufgestellten Statuen der Kirchenpatrone, der Apostelfürsten Paulus und Petrus. Wie früher am Barockaltar, flankieren sie wieder das Gnadenkind und "ziehen so den gläubigen, betenden Beschauer mit ein, denn ,wo zwei oder drei in meinem Namen versammelt sind, bin ich mitten unter ihnen' (Mt 18, 20)" (Franz Wagner).
Auch die Seitenaltäre mit ihren schlichten Mensen und den darüber angebrachten Schnitzfiguren von 1962, links Maria Immakulata, rechts der hl. Joseph, gehen auf die Neugestaltung unter Jakob Adlhart zurück.  
  


Die um 1515 an der nördlichen Langhauswand aufgetragenen Fresken zeigen in überlebensgroßer Darstellung Christus Salvator zwischen den zwölf Aposteln, teilweise beschädigt durch spätere Fensterausbrüche. Die Reihenfolge von links nach rechts: Thomas, Jakobus d. J., Philippus, Bartholomäus, Jakobus d. Ä., Johannes, Christus, Petrus, Paulus, Andreas, Matthäus, Simon und Judas. Die Fresken wurden 1996 durch Fachrestauratoren gereinigt und gesichert.

Das ausdrucksvolle spätgotische Kruzifix an der Südwand aus dem 16. Jahrhundert stammt aus der Kalvarienberg-Kapelle. An den Seitenwänden und der Emporenwand sind insgesamt vierzehn Stationsbilder (um 1800) angebracht. Die neugotische Orgel von Matthäus Mauracher d. Ä. aus dem Jahr 1859 wurde zuletzt 1991 saniert (Orgelweihe am 10. November 1991).